V 40-tych rokoch 16. storočia sa v Prešporku upevnil protestantizmus. Postupne získaval čoraz viac prívržencov a svoj najväčší rozmach dosiahol na prelome 16. a 17. storočia. Príslušníci evanjelickej obce v Prešporku pôvodne pochovávali svojich zosnulých na tu existujúcich mestských cintorínoch. Vlastné miesto na pochovávanie mŕtvych nemali. Mestskí radní preto hľadali vhodné miesto na vybudovanie cintorína, ktorý by slúžil iba evanjelikom. Napokon im poskytli priestor pred vnútornými mestskými hradbami neďaleko Michalskej brány. Vzhľadom na počet evanjelických veriacich sa plocha cintorína postupne rozširovala a zaberala parcely až na terajšej Konventnej ulici. Cintorín bol obohnaný pevným kamenným múrom.

V roku 1783 Prešporský evanjelický cirkevný zbor kúpil pozemok pri ceste, ktorá viedla z tu donedávna jestvujúcej Kozej brány smerom na kopce Malých Karpát.

Aj tento cintorín sa postupne rozrastal o ďalšie pozemky. Vyvolala to potreba nových plôch na pochovávanie. Ani toto opatrenie však časom nestačilo a preto museli byť viaceré hrobové miesta použité aj niekoľkokrát. Nové pozemky sa stavebnými úpravami postupne zlučovali s už existujúcimi. K poslednému významnému rozšíreniu cintorína prišlo v 60-tych rokoch 19. storočia, keď sa plocha rozrástla o záhrady pri ulici Palisády a dosiahla dnešnú rozlohu.

Na cintoríne, ktorý sa aktívne využíval až do roku 1950 (v tomto roku tu bolo pochovávanie ukončené a cintorín bol úradne zrušený), sa dnes odhadom nachádza asi štyritisíc hrobových miest a s prihliadnutím na spôsob pochovávania (niektoré hroby boli použité viackrát) sa predpokladá, že v období rokov 1783 až 1950 tu bolo pochovaných asi dvadsaťtisíc zosnulých.