Bitka pri Moháči v roku 1526 znamenala zásadný zlom v dejinách Uhorska. Na bojisku nezahynul len mladý kráľ Ľudovít II. Jagelovský, ale aj veľká časť uhorskej šľachty a vysokých cirkevných hodnostárov vrátane ostrihomského arcibiskupa. Krajina zostala bez pevného vedenia a politický systém sa začal rozkladať.
Turecké oddiely po víťazstve obsadili Budín i Pešť, plienili široké okolie a prenikli hlboko na sever. Osmanská ríša sa však v tom čase Uhorska definitívne nezmocnila – sultán Sulejman po správach o nepokojoch na východe ríše odtiahol späť.
V neistých časoch opustila Budín aj vdova po kráľovi, Mária Habsburská. Útočisko našla v Bratislave, ktorá bola dobre opevnená a zároveň ležala v blízkosti Viedne, kde vládol jej brat Ferdinand Habsburský. Do mesta dala previezť aj relikvie sv. Jána Almužníka, ktoré sa dodnes nachádzajú v Dóme sv. Martina. Práve z Bratislavy začala organizovať podporu habsburských nárokov na uhorský a český trón.
Zatiaľ čo časť uhorskej šľachty podporila mocného magnáta Jána Zápoľského, ktorý sa dal korunovať za uhorského kráľa v tradičnom korunovačnom meste Stoličnom Belehrade, Mária Habsburská iniciovala snem v Bratislave. Ten sa konal 17. decembra 1526 vo františkánskom kláštore a prítomní magnáti, šľachta i zástupcovia miest zvolili za uhorského panovníka Ferdinanda I. Habsburského.
Týmto rozhodnutím sa začalo takmer štyristo rokov trvajúce obdobie habsburskej vlády v Uhorsku.
Rod Habsburgovcov pochádzal pôvodne zo Švajčiarska a Alsaska. Ich mocenský vzostup sa začal v stredoveku a postupne sa z nich stala jedna z najmocnejších dynastií Európy. Neuspeli len vo vojnách, ale najmä šikovnou diplomaciou a výhodnými sobášmi.
Práve sobášna politika umožnila Habsburgovcom získať Rakúsko, Čechy, Uhorsko, neskôr Španielsko, Holandsko či rozsiahle zámorské kolónie.
Ferdinand I.
Ferdinand I. získal svoje nároky na uhorský trón aj vďaka sobášu s Annou Jagelovskou, sestrou Ľudovíta II. Po Moháči sa však situácia skomplikovala dvojvládím – za legitímnych kráľov sa považovali Ferdinand aj Ján Zápoľský. Ich spor prerástol do dlhoročného konfliktu, do ktorého čoraz výraznejšie zasahovala Osmanská ríša.
V roku 1529 vytiahol sultán Sulejman s mohutným vojskom na podporu Zápoľského a po obsadení Budína zamieril až k Viedni. Hoci sa Turkom nepodarilo mesto dobyť, Uhorsko zostávalo rozdelené a oslabené.