Kultúrny život v 16. a 17. storočí sa rozvíjal napriek mimoriadne zložitej dobe poznačenej vojnami, náboženskými konfliktmi aj politickou neistotou. Práve v tomto období však vznikli diela a myšlienky, ktoré výrazne ovplyvnili kultúrny vývoj celého Uhorska a zároveň položili základy formovania slovenskej národnosti a národnej kultúry.
Spoločnosť bola ovplyvnená dvoma veľkými ideovými prúdmi. Na jednej strane stáli humanistické myšlienky nadväzujúce na antiku, na druhej strane zápas reformácie a protireformácie, ktorý výrazne zasahoval najmä do náboženského života.
Humanizmus postupne oslaboval stredoveké scholastické myslenie a podporoval záujem o prírodné vedy, filozofiu, poznanie človeka aj krásu pozemského života. Vzdelanci sa začali obracať k živým národným jazykom namiesto dovtedy dominantnej latinčiny.
Práve v tomto období sa začali výraznejšie formovať aj jazykové a kultúrne osobitosti Slovákov. Čeština sa síce stala literárnym jazykom vzdelaných vrstiev na Slovensku, no postupne do nej prenikali prvky slovenských nárečí. Významnú úlohu zohrala najmä Trnava a neskôr Trnavská univerzita založená roku 1635. Podobné jazykové tendencie možno sledovať aj v dobových dokumentoch z Bratislavy, napríklad v mestských zápisniciach.
Napriek nepokojným časom sa rozvíjalo aj školstvo. Na území dnešného Slovenska existovali stovky škôl a viaceré gymnáziá. Bratislava patrila medzi najvýznamnejšie vzdelávacie centrá. Mestská latinská škola bola v polovici 16. storočia prebudovaná na gymnázium a neskôr vzniklo aj jezuitské gymnázium založené Petrom Pázmaňom.
V meste pôsobili katolícke, evanjelické aj židovské školy a nechýbala ani škola pre dievčatá. Mnohí študenti pokračovali v štúdiách vo Viedni, Prahe, Nemecku, Taliansku či na Trnavskej univerzite.
Významným fenoménom doby bola aj kníhtlač. Hoci sa na naše územie dostala neskôr než do západnej Európy, od 16. storočia začali vznikať prvé tlačiarne. Bratislava získala vlastnú tlačiareň začiatkom 17. storočia a tlačili sa tu náboženské polemiky, vedecké práce aj diela významných autorov vrátane J. A. Komenského. Mimoriadne vzácnym dokladom je aj jedna z najstarších tlačených novín v strednej Európe – nemecky písané letákové noviny vydané v Bratislave roku 1594.
Rozvíjala sa aj literatúra a vedecké myslenie. Bratislavskí humanisti písali básnické zbierky, filozofické texty i právne práce. Medzi významné osobnosti patril napríklad Martin Rakovský, ktorého diela sa venovali otázkam moci a spoločnosti podobne ako spisy Niccola Machiavelliho. Bratislavu navštívili aj významní európski učenci, medzi nimi lekár a alchymista Paracelsus či botanik Carolus Clusius.
Významné miesto mala hudba. Popri gregoriánskom chorále sa rozvíjala viachlasná protestantská hudba, vznikali nové skladby a pôsobili tu viacerí hudobníci a skladatelia. Bratislava sa spája aj s výrobou a používaním hudobných nástrojov, napríklad lutny, ktorú preslávil rodák Hans Neusiedler.
Pri slovenských bohoslužbách sa používali prvé slovenské spevníky, medzi nimi známa Tranovského Cithara Sanctorum.