Po smrti Žigmunda Luxemburského nastúpil na uhorský trón jeho zať Albrecht I. Habsburský (1437 – 1439). Jeho panovanie však netrvalo dlho – zomrel počas vojenského ťaženia proti Turkom. Následný boj o trón výrazne zasiahol aj Bratislavu. Mesto podporovalo Albrechtovu vdovu, Žigmundovu dcéru Alžbetu Luxemburskú, ktorá sa usilovala ochrániť nároky svojho novonarodeného syna Ladislava Pohrobka. Na svoju stranu povolala do Uhorska českého šľachtica Jána Jiskru z Brandýsa.
Časť uhorskej šľachty však uprednostnila silného a dospelého panovníka schopného čeliť tureckému nebezpečenstvu, a preto zvolila poľského princa Vladislava I. Jagelovského.
Konflikt medzi Alžbetou a Vladislavom (ktorého podporoval aj bratislavský župan Štefan Rozgoň) vtiahol do bojov aj samotnú Bratislavu. Podľa dobových správ mali obyvatelia mesta umiestniť delá na vežu Kostola sv. Martina, ktorá bola súčasťou mestského opevnenia, a ostreľovať hradnú posádku vernú Vladislavovi. Ten napokon v roku 1442 Bratislavu dobyl.
Kráľovná Alžbeta, ktorá sa v tom čase zdržiavala v meste, odmenila Bratislavu za vernosť. V roku 1442 jej dala do zálohu výnosy z tridsiatkov vyberaných na miestnej colnici výmenou za pôžičku 7333 zlatých. Zároveň mestu prenechala aj poplatky, ktoré dovtedy odvádzali bratislavskí Židia do kráľovskej pokladnice, ako kompenzáciu za náklady na opevnenie.
Spor o trón sa pre oboch hlavných aktérov skončil tragicky. Alžbeta, prezývaná „kráľ v sukni“, zomrela v roku 1442 za nejasných okolností, pravdepodobne v dôsledku otravy. Vladislav padol o dva roky neskôr v bitke proti Turkom pri Varne.
V nasledujúcom období sa o moc delili Ján Jiskra z Brandýsa, ktorý hájil záujmy maloletého Ladislava Pohrobka (1439 – 1457), a gubernátor Ján Huňady, predstaviteľ uhorskej šľachty. Huňady sa preslávil najmä víťazstvom nad Turkami pri Belehrade v roku 1456, ktoré na čas zastavilo ich postup do Európy. Krátko po tomto úspechu však podľahol moru.
Po smrti Ladislava Pohrobka si uhorská šľachta zvolila za kráľa Mateja Korvína (1458 – 1490), syna Jána Huňadyho.
Mladý panovník sa ukázal ako energický vládca – snažil sa posilniť kráľovskú moc, obmedziť vplyv šľachty a reformovať daňový systém. Za jeho vlády prenikali do Uhorska renesančné vplyvy, najmä vďaka jeho druhej manželke Beatrix Aragónskej, ktorá priviedla na dvor umelcov a humanistov.
Pre Bratislavu znamenalo jeho obdobie rozkvet.
Hoci Korvín získaval prostriedky podporou miest a obchodu, väčšinu z nich vynakladal na vojenské výpravy, najmä proti západným susedom, ako boli Jiří z Poděbrad či Fridrich Habsburský.
Panovník mestu udeľoval viaceré výsady – oslobodzoval ho od niektorých poplatkov, rozšíril trhové práva a posilnil jeho právne postavenie. Udelil mu aj právo používať červený vosk pri pečatení listín (1459) a právo meča (1468). V roku 1464 potvrdil všetky jeho privilégiá zlatou bulou. Významným momentom bolo aj založenie Univerzity Istropolitany v Bratislave v roku 1465.
Po Korvínovej smrti v roku 1490 vo Viedni nastúpil na trón Vladislav II. Jagelovský (1490 – 1516), ktorý bol už českým kráľom. Habsburgovci síce uplatňovali nároky na uhorskú korunu, no spor bol ukončený Bratislavským mierom v roku 1491. Ten potvrdil Vladislavovu vládu a zároveň ustanovil dohodu o dedičstve medzi dynastiami.
Vladislav II. bol vnímaný ako slabý panovník, čo sa prejavilo aj počas vlády jeho syna Ľudovíta II. (1516 – 1526). V krajine narastali vnútorné konflikty, šľachta presadzovala vlastné záujmy a štát postupne oslaboval. Situáciu vyhrotilo aj veľké sedliacke povstanie vedené Jurajom Dóžom v roku 1514 a nepokoje v banských mestách.
Oslabené Uhorsko nedokázalo odolať expanzii Osmanskej ríše. Dňa 29. augusta 1526 utrpelo uhorské vojsko drvivú porážku v bitke pri Moháči, kde zahynul aj mladý kráľ Ľudovít II. Jagelovský.