Jednou z najdôležitejších výsad Bratislavy bola možnosť slobodne si voliť vlastnú mestskú správu.
Toto právo potvrdila aj privilégijná listina z 2. decembra 1291, podľa ktorej si mešťania každoročne na sviatok sv. Juraja (24. apríla) vyberali richtára a dvanásť prísažných so súdnou právomocou. Mesto sa tak dostalo spod moci miestnych hodnostárov a podliehalo priamo kráľovi.
Hoci listina predpokladala pravidelnú obmenu vedenia, prax bola iná. Niektorí predstavitelia stáli na čele mesta opakovane alebo veľmi dlho.
Príkladom je Jakub, ktorý pôsobil vo vedení mesta ešte pred udelením výsad a vracal sa do funkcie opakovane. Medzi prvých richtárov patrili aj Tyrward či Deprecht, pričom Hertlo zastával tento úrad nepretržite viac ako dve desaťročia.
Nedodržiavanie každoročných volieb súviselo najmä s nepokojnou politickou situáciou na prelome 13. a 14. storočia. Po smrti Ondreja III. sa Bratislava dostala ako vdovské mesto do rúk kráľovnej Agneše a spravovali ju rakúski úradníci. Situáciu komplikoval aj vplyv mocného šľachtica Matúša Čáka Trenčianskeho a politické rokovania podporujúce nástup Karola Róberta z Anjou.
Po jeho víťazstve sa pomery stabilizovali, no vplyv niektorých rodín, najmä Jakubovcov, zostal silný ešte dlhé desaťročia.
V priebehu 15. storočia sa voľby síce konali pravidelne, no často išlo len o výmenu funkcií medzi členmi mestskej rady. Noví ľudia sa dostávali do vedenia najmä v prípade úmrtia či odchodu dovtedajších predstaviteľov. Richtárom býval spravidla príslušník najbohatšej vrstvy, zatiaľ čo radcovia pochádzali aj zo stredného meštianstva.
Postupne sa vytvorila aj funkcia mešťanostu, ktorý mal na starosti hospodárske záležitosti mesta.
Od prvej polovice 15. storočia sa správa Bratislavy rozdelila na dve hlavné oblasti:
1) súdnu, ktorú viedol richtár ako najvyšší predstaviteľ mesta
2) hospodársku, za ktorú zodpovedal mešťanosta.
Ďalší úradníci
Pri riadení mesta pomáhali aj ďalší úradníci – mestský komorník spravoval financie, mestský kapitán dbal na poriadok, bezpečnosť a obranu, a mestský notár viedol administratívu a staral sa o dokumenty. Mestská rada, zložená z richtára a dvanástich radcov, mala rozhodujúcu moc v správe aj súdnictve.
Okrem nej existovala aj širšia rada ako poradný orgán a najvyšším zhromaždením bola komunita všetkých plnoprávnych mešťanov, ktorí vlastnili dom a mali volebné právo. Títo obyvatelia volili mestské orgány a formálne nad nimi vykonávali kontrolu.
Postupne sa rozvíjala aj mestská administratíva. Okolo roku 1430 vznikla mestská komora, ktorá spravovala príjmy a výdavky, a mestská kancelária, zabezpečujúca písomnú agendu. Mesto si viedlo rôzne knihy a registre – účtovné, súdne či daňové – ktoré dokumentujú jeho fungovanie už od 14. storočia.
Bratislava mala vlastnú súdnu právomoc, pričom odvolania smerovali najprv ku kráľovi a neskôr k tzv. taverníckej stolici, kde boli zastúpené významné mestá ako Košice, Trnava či Prešov. Ako slobodné kráľovské mesto (najmä od roku 1405) sa Bratislava podieľala aj na zasadaniach uhorského snemu prostredníctvom svojich zástupcov, hoci zároveň sledovala aj dianie na župných zhromaždeniach v okolí.


