Územie dnešnej Bratislavy patrí k miestam s mimoriadne dlhou históriou osídlenia. Najstaršie stopy prítomnosti človeka dokazujú kamenné nástroje objavené v okolí Rovinky, Dlhých dielov či Mlynskej doliny. Ich tvorcami boli už pravekí ľudia typu Homo erectus, ktorí sa do strednej Európy dostali počas staršej kamennej doby. Neskôr sa v oblasti zdržiavali lovci mladšieho paleolitu a po ústupe doby ľadovej aj mezolitické skupiny, ktoré sa živili lovom jeleňov, diviakov či rybolovom. Z Dúbravky pochádza dokonca objav pravekej dielne na výrobu kamenných nástrojov.
Veľký zlom nastal v mladšej kamennej dobe, približne v 5. tisícročí pred naším letopočtom, keď sa do priestoru Bratislavskej brány rozšírilo prvé poľnohospodárske osídlenie. Ľudia si zakladali menšie osady najmä pri vodných tokoch ústiacich do Dunaja. Významným centrom bola Mlynská dolina, no osídlenie vzniklo aj v priestore dnešného historického jadra mesta. Práve od tohto obdobia možno hovoriť o trvalom osídlení Bratislavy, ktorého korene siahajú približne sedemtisíc rokov do minulosti.
Výhodná poloha pri Dunaji a na križovatke obchodných ciest spôsobila, že územie dnešnej Bratislavy bolo už od praveku miestom stretávania kultúr a obchodných kontaktov.
Pozdĺž rieky viedla významná cesta smerujúca zo stredného Podunajska ďalej k rieke Morave a severozápadnej Európe. Archeologické nálezy naznačujú, že niektoré osady, napríklad na Devínskej Kobyle, mohli slúžiť aj na kontrolu tejto dôležitej komunikácie.
V neskorej kamennej dobe sa pohyb ľudí a obchodníkov ešte zintenzívnil. Cez územie prechádzali skupiny hľadajúce ložiská medi aj obchodníci prinášajúci nové výrobky a technológie. V 3. tisícročí pred Kristom sa v oblasti usadil ľud badenskej kultúry, ktorý si na bratislavskom aj devínskom hradnom vrchu vybudoval opevnené výšinné sídliská. Význam Bratislavskej brány nadobudol priestor stretávania sa rôznych etník a kultúrnych vplyvov.
V dobe bronzovej bola situácia ešte pestrejšia. V okolí dnešnej Bratislavy sa striedali a prelínali viaceré kultúry zo západu, severu aj juhovýchodu Európy. Významnú úlohu zohrával obchod s bronzom a kontrola diaľkových ciest, najmä Dunajskej a Jantárovej cesty. O bohatstve a strategickom význame regiónu svedčí aj nález veľkého súboru bronzových hrivien z okolia Bratislavy.
Na prelome bronzovej a železnej doby sa územie dostalo do sféry halštatskej kultúry, ktorá ovládala rozsiahle oblasti okolo Álp. V tomto období sa Bratislavská brána stala významnou kultúrnou križovatkou. Obyvatelia regiónu boli v kontakte so stredomorským svetom, poznali výrobky z Etrurie i grécke obchodné vplyvy. Vznikali opevnené hradiská na bratislavskom a devínskom hradnom kopci a hustá sieť osád v okolí dnešného mesta. Rozvíjalo sa poľnohospodárstvo, výroba keramiky aj spracovanie železa.
Táto kontinuita sa naplno prejavila aj v ďalších storočiach a výrazne formovala podobu mesta, ktoré poznáme dnes.
Vďaka svojej polohe bola Bratislava od najstarších čias miestom, kde sa stretávali obchodné cesty, kultúry aj civilizačné vplyvy.